La Federación de Municipios de Cantabria se estructura en la Asamblea General, la Comisión Ejecutiva y la Presidencia.
- La Asamblea General es el órgano soberano de la Federación y está integrada por todos los representantes de los ayuntamientos.
- La Comisión Ejecutiva es el órgano encargado del gobierno y Administración de la Federación, de conformidad con los criterios, directrices y resoluciones de la Asamblea General.
- El Presidente de la Federación personaliza y representa a la Institución.